Elle est la concrétisation des efforts menés depuis 1946 par un groupe de travail issu du service de mycologie de l'institut Pasteur dirigé par le professeur Joseph Magrou. Ce groupe, animé par Gabriel Segretain, Edouard Drouhet et François Mariat, est déjà l'initiateur du cours supérieur de mycologie médicale en 1953 et de l'international society of human and animal mycology (i.s.h.a.m.) en 1953 à Rome (officiellement en 1954 à Paris) qui consacre la séparation de la mycologie médicale des disciplines auxquelles elle était auparavant rattachée : botanique, dermatologie, bactériologie ou parasitologie. Avec une trentaine de mycologues francophones, ils décident, dès 1953-1954, de constituer la SFMM dont l'existence légale est reconnue en 1956 et célébrée par une grande réunion à l'Institut Pasteur. Elle regroupe plus de six cents membres (fin 2012)
Publie le Journal de mycologie médicale