Le projet conçu par quelques botanistes désireux de voir s'établir des liens plus étroits entre ceux qui, à Lyon ou dans les environs, cultivent les mêmes études, fut bientôt mis à exécution, et grâce au zèle des diverses personnes dont on sollicita le concours, la nouvelle Société franchit facilement la période d'organisation. Elle éditait le Bulletin de la Société botanique de Lyon ainsi que les Annales.
La Société fut absorbée par la Société linnéenne de Lyon en 1922.