Fondée en 1801 par un groupe de bénévoles soucieux de combler le vide universitaire, elle fournit en 1806 les cadres de l'école impériale de médecine (décret inspiré par Dominique Larrey), instaurée face aux Facultés privilégiées de Paris, Montpellier et Strasbourg.
Indépendamment de tout lien universitaire, la société s'est employée à cultiver l'esprit clinique.

Elle a constitué un fonds pour le Musée d'Histoire de Médecine de Toulouse, installé dans une aile de l'Hôtel Dieu depuis le 3 mai 1996.