La Société d'anthropologie est fondée par Paul Broca en 1859. Dès l'origine, elle est dominée par les médecins, Jacques Bertillon, Isidore Geoffroy Saint-Hilaire, Louis-Pierre Gratiolet, ou Paul Topinard un peu plus tard. Cette forte composante de naturalistes déterminera la perspective de ses travaux, du moins jusqu'aux années 1890.
Les bulletins témoignent du souci constant des sociétaires de doter l'anthropologie d'un programme, d'une problématique spécifique, de règles d'observation précises, d'instruments méthodologiques, privilégiant l'étude des caractères physiques de l'homme au détriment des manifestations intellectuelles et morales.
Le siège social est au Musée de l'Homme (place du Trocadéro à Paris).
Journées annuelles de la Société d'anthropologie de Paris