Joseph K. Barnes est un médecin américain.
Il est le 12e chirurgien général de l'armée des États-Unis (1864-1882).
Son père est un juge fédéral prospère, Barnes étudie la médecine à l'Université de Harvard, mais la quitte avant de terminer ses études en raison de sa mauvaise santé. Il étudie ensuite la médecine avec le Surgeon General Thomas Harris de la marine américaine, et reçoit son diplôme de médecine de l'Université de Pennsylvanie en 1838. Après ses études, il sert un an comme médecin résident à l'hôpital Blockley. Il participe ensuite aux guerres de Floride (1840), à la guerre du Mexique (1842-1846) et à la guerre de Sécession (1861-1863).
Il assiste le président Abraham lincoln lors de son assassinat 1865.
Prend part à la collecte de matériel pour le Musée médical de l'Armée, à la rédaction de l'Histoire médicale et chirurgicale de la guerre de sécession et au développement de la bibliothèque médicale de l'armée 1863-1865.
Il assiste le président James A. Garfield, assassiné 1882.
Il est élu correspondant étranger de l'Académie de médecine le 14 octobre 1873.