Claude Schaeffer s'oriente très tôt vers l'archéologie et devient en 1926 conservateur du Musée archéologique du Palais de Rohan et du Cabinet numismatique de la Bibliothèque Nationale et Universitaire de la ville En 1929 sa carrière prit un tour nouveau et décisif lorsqu'il fut chargé d'explorer les sites de Minet el-Beida et de Ras Shamra. En 1932, parallèlement, il fouilla à Enkomi. Ces travaux furent interrompus par la guerre. En 1953, une chaire d' " Archéologie de l'Asie occidentale " fut créée pour lui. professeur au Collège de France