– Dictionnaire universel des contemporains, Paris, 1893, p. 318 – "Charles (Émile, Auguste)", in Le premier siècle de l’Institut de France, 25 octobre 1795-25 octobre 1895, par le comte de Franqueville, 1896, t. II, p. 300, notice n° 878 – “Annonce du décès de É. Charles”, in Séances et Travaux de l’Académie des Sciences morales et politiques 147, 1897, p. 494 – "Charles (Émile-Auguste)", in Notices biographiques et bibliographiques de l’Académie des sciences morales et politiques (1893), 2e partie, Paris, 1894, p. 9 – "Notice sur Émile Charles, correspondant de l’Institut" par F. Bouillier, in Séances et Travaux de l’Académie des Sciences morales et politiques 149, 1898, p.806-809 – M. Émile Charles (1825-1897), par E. Caillemer, Lyon, 1897 – Dictionnaire de biographie française, Paris, 1959, t. VIII, c. 577 - Académie des sciences et lettres de Montpellier

– Roger Bacon, sa vie, ses ouvrages, ses doctrines, d'après des textes inédits, 1861 (thèse de doctorat)
– De vitae natura dissertatio, 1861 (thèse complémentaire)
– Cicéron : De republica, 1866 (édition critique)
– Antoine Arnault : La logique de Port-Royal, 1868 (édition critique)
– Lectures de philosophie ou Fragments extraits des philosophes anciens et modernes mis en ordre et annotés, , 2 vol., 1873-1876
– Cicéron : De finibus bonorum et malorum, 1875 (édition critique)
– Cato major seu de senectute dialogus, 1875 (édition critique)
– Lettres de Sénèque à Lucilius, 1878 (édition critique)
– Loelius seu de amicitia dialogus, 1879
– Éléments de philosophie. Éléments de psychologie. Éléments de logique. Éléments de morale. Éléments de métaphysique, 2 vol., 1884-1885

– Collaboration au Dictionnaire des sciences philosophiques