Né dans un ménage de vignerons, fils de Michel Rouget et de Jeanne Marie Duxin, Charles Rouget est lui-même viticulteur à Salins-les-Bains (Jura).
Lié avec l'ampélographe Pulliat, présent au Congrès ampélographique de Châlons-sur-Saône en 1896, il fait autorité en matière d'ampélographie comtoise.
Conseiller municipal de Salins, chevalier du mérite agricole, médaille d'or de la Société nationale d'agriculture, il n'appartient pas à la Société d'émulation du Jura, ce qui atteste une notabilité toute locale et sa complète spécialisation en botanique.
Il avait épousé en premières noces Louise Gracedieu et en secondes noces Marie Thuy, institutrice, morte après lui. De son premier mariage est né Jean Paul Louis Alexis Rouget (Salins, l7 juillet 1865-Bourges (gendarmerie), 25 décembre 1949), capitaine d'artillerie et chevalier de la Légion d'honneur en 1912, chef d'escadron et officier de la Légion d'honneur en 1920.