Fils du docteur Charles Louis Célestin Bouyer et de Louise Marcelline Gastineau.
Après des études au collège Sainte-Barbe, il soutient une thèse de médecine à Paris puis s'établit à Saintes où il exercera toute sa vie. Sa notoriété, notamment dans le domaine de la chirurgie, dépasse largement le ressort du département. Il exerce par ailleurs différentes fonctions officielles comme médecin des épidémies, médecin légiste et médecin des prisons. En 1870-1871, il est chargé du service médical régimentaire.
Il avait épousé le 1er juin 1864 Marie Lucile Besson.