Charles Charpentier est un médecin et chirurgien de Marine français.

Il soutient sa thèse à l'École de médecine de Paris le 21 avril 1803. Entré la même année dans la Marine en tant que chirurgien auxiliaire de 2nde classe, Charles Charpentier est employé à Boulogne sur le Septième bateau de la flotille. Il est ensuite promu chirurgien auxiliaire de 1ère classe en 1804 et est successivement placé sur le bateau hôpital n°4 en 1804, employé à terre à Boulogne en 1805, rattaché au bateau hôpital n°4 (1805), sur le 199ème bateau de la flotille (1805) et sur le 98ème bateau de la flotille (1805-1807). Par la suite, Charpentier est nommé chirurgien major au 2ème régiment de la flotille (1er février 1807), puis au 45ème bataillon (1808) et aux forges royales de la Chaussade à Guériny de 1808 à 1826. Il est chirurgien de 1ère classe entretenu de la marine de 1826 à 1841.

Il est élu adjoint correspondant de l'Académie de médecine pour la section de médecine le 5 avril 1825.

Charpentier est nommé chevalier de la Légion d’Honneur en 1841.