Sir John MacFadyean est un vétérinaire et universitaire écossais.

Après des études secondaires au Ewart Institute à Newton Stewart, il travaille à la ferme de son père Andrew MacFadyean avant d'entrer au Dick Veterinary College d'Edimbourg, dont il sort diplômé en 1876. Il y devient maître de conférences en anatomie l'année suivante. Il est professeur au Royal Veterinay College de Londres de 1892, et en devient le principal en 1894.

Ses travaux portent notamment sur la bactériologie, la pathologie, et l'anatomie comparative. Il est le premier à isoler, en 1906, l'espèce de bactéries Campylobacter.

Il est élu correspondant étranger de l'Académie de médecine pour la division de médecine vétérinaire le 4 novembre 1924.