Ses buts convergent tous vers l’étude des divers aspects de la botanique au sens large du terme: la floristique, la taxonomie, la physiologie, l’écologie, etc.
Pour les réaliser, la Société organise des réunions mensuelles dans le cadre desquelles des conférenciers sont invités à parler d’un sujet traitant de la botanique. D’autre part, chaque année, du printemps à l'automne, de nombreuses excursions sont organisées dans les environs de Genève, ailleurs en Suisse ou en Europe, dans le but de mieux connaître la flore de ces régions.
A ces activités régulières s’ajoutent des activités particulières comme, par exemple, le projet de cartographie des plantes à fleurs et des fougères du canton de Genève, ainsi que la visite d’instituts ou de jardins botaniques.
La Société botanique de Genève édite une revue annuelle - Saussurea - mêlant la vulgarisation aux textes purement scientifiques ainsi que des Mémoires traitant d'un sujet particulier.