En 1763, il est docteur en théologie à la Sorbonne. Ordonné prêtre en 1761, il devient vicaire général à Auxerre
Il est nommé évêque de Rodez en 1770.
Nommé ensuite archevêque de Bordeaux en 1781, il contribua en 1786 à créer l'Institut national des jeunes sourds (INJS) de Bordeaux.
lu — comme son frère aîné Jean-Baptiste-Marie — député du clergé aux États généraux de 1789, il fut chargé de présenter les travaux du Comité sur la Constitution dont le texte de la Déclaration des droits de l'homme et du citoyen de 1789 Au lendemain de la nuit du 4 août, Jérôme Champion de Cicé fut nommé Garde des sceaux par Louis XVI. Le 21 novembre 1790, après la proclamation de la Constitution civile du clergé, il démissionna de sa charge de garde des sceaux, et décida de reprendre ses fonctions de député. Le 8 octobre 1801, il publie à Londres un document de 15 pages Lettre de Mgr l’archevêque de Bordeaux à ses diocésains, dans lequel il leur expose les motifs de sa démission, intervenue à la demande du pape.
Le 21 février 1802, il rentre en France, et est presque aussitôt (le 9 avril) nommé archevêque d'Aix-en-Provence.