Médecin et anatomiste, il est l'un des pionniers de la physiologie. Il étudia l'expansion de l'air, écrivit des livres sur la psychologie et en anatomie décrivit le canal thoracique. En outre il consacra des études à la nature de la vision. En 1645, il s'inscrit à la faculté des Arts ou au collège des jésuites de Clermont à Paris. Il fait diverses rencontres, notamment avec Marin Mersenne ou Evangelista Torricelli dont il suit les expériences sur l'acoustique, la pesanteur et le vide. Jean Pecquet est emprisonné à la Bastille pendant 41 mois en même temps que son protecteur Nicolas Fouquet, celui-là même qui avait subventionné ses études de médecine. Sorti de prison, Colbert le désigne comme membre de l'académie des sciences en 1666. Il y réalise des dissections de l'œil et mesure ses dimensions. Contrairement à Edme Mariotte, il pensait que c'était la rétine et non la choroïde qui était le principal organe de la vision. Médecin ordinaire du Roi retenu par sa majesté, Jean Pecquet s'occupe d'une riche patientèle comprenant Mme de Sévigné.