Médecin et botaniste français. Il obtient son titre de docteur en médecine le 9 décembre 1664. Il exerce de 1666 à 1667 à l'Hôtel-Dieu de Paris. Il apprend la botanique, notamment auprès de Pierre Magnol (1638-1715), botaniste à Montpellier. Antoine Vallot (1595 ou 1596-1671) fait appel à lui pour récolter des plantes en France. II contribue à l'embellissement du Jardin des Plantes, qu'il enrichit par des excursions botaniques en Auvergne, en Provence, dans les Alpes et les Pyrénées. Il collabore au premier catalogue du jardin, Hortus regius, que Denis Joncquet fait publier en 1665. C’est Fagon qui en rédige la plus grande part. 4 000 espèces y sont décrites. Le 14 février 1699, il devient membre honoraire de l’Académie royale des sciences, premier titulaire. La mort de Joncquet lui permet d’obtenir un poste de sous-démonstrateur. L'année suivante, il obtient le poste de démonstrateur en pharmacie.
