Émile Magnier est négociant, imprimeur.

Il est le fils de François Modeste Magnier (1797-1859), négociant, et de Louise Balbastre (1803 - 1839).

Il est membre de la Commission des valeurs de douanes à Brest.
Il a été Président de la Classe 31.
À l’occasion de l’Exposition Universelle de 1889, qui s’est tenue à Paris du 5 mai au 31 octobre, Émile Magnier a participé en tant que membre du jury et exposant hors concours. L’événement, organisé pour célébrer le centenaire de la Révolution française, avait pour thème principal cette période historique.

Il est membre du conseil d'administration de la Société d'encouragement pour l'industrie nationale en 1873 et toujours en exercice en 1893) et membre du comité de commerce de cette société.

Il est promu chevalier de la Légion d'honneur le 8 août 1870, puis Officier le 8 février 1890.