François Desmarquoy est un médecin français.

Il obtient la licence en médecine à la faculté de Douai en 1757. Il est médecin consultant de l’hôpital régimentaire d’Aire en 1789 puis médecin ordinaire à l’Armée du nord en 1791, où il est promu médecin en chef l’année suivante. François Desmarquoy est rattaché de nouveau à l’hôpital militaire d’Aire en 1795, où il est nommé médecin titulaire. En 1796 il est médecin ordinaire à l’hôpital militaire de Bergues puis, en 1797, à l’Armée du Rhin. Desmarquoy est médecin ordinaire de l’hôpital de Saint Omer en 1799, médecin principal du 1er Corps de Réserve en 1803, médecin en chef à l’armée du Nord en 1809 et médecin principal au 1er Corps de Réserve de nouveau en 1810. À partir de 1812 il est détaché à Saint Omer au service des hôpitaux, où il continue de travailler jusqu’à sa retraite, en 1816.

Desmarquoy est élu associé non résidant de l’Académie de médecine le 23 octobre 1824.
Il est fait chevalier de la Légion d’Honneur en 1811.