Wilhelm Filehne est un pharmacologue allemand.
Il effectue ses études médicales à Heidelberg et Berlin. Il obtient son doctorat en 1866.
Il est d'abord assistant à Berlin de Rudolf Virchow et de Ludwig Traube, tout deux physiciens, puis du médecin Whilhelm Olivier Leube à la polyclinique médicale de l'Université d'Erlangen à partir de 1874. Il commence à enseigner la pharmacologie en 1876 dans cette université puis est titularisé en 1886 à l'Université de Breslau pour la même discipline.
Spécialisé dans la recherche sur les substances antipyrétiques, il travaille également sur les illusions d'optique, laissant notamment son nom à "l'illusion de Filehne".
Il est élu correspondant étranger de l’Académie de médecine pour la division d’anatomie et physiologie le 5 juillet 1910.