La Société d'hydrologie a un rôle moteur dans l'élaboration des protocoles d'évaluation de la médecine thermale en travaillant sur le service médical rendu par exemple, ou en précisant les indications, comme les contre-indications et non-indications, de la crénothérapie dans toutes les disciplines concernées au cours de réunions de consensus. Elle participe aux commissions officielles sur le thermalisme, à l'enseignement de la crénothérapie tant dans la formation initiale que continue du médecin et est l'interlocuteur scientifique privilégié de tous les partenaires du thermalisme. Elle entretient des relations avec ses homologues européens et mondiaux.