La Société neuchâteloise des Sciences naturelles a été fondée en 1832 à Neuchâtel sous l'impulsion d'un groupe de scientifiques, dont Louis Agassiz, Henri de Joannis et Henri Ladame, trois noms que l'on retrouvera dès 1840 dans le corps professoral de la première Académie, la future Université. En 1843, Célestin Nicolet fonda une section de la SNSN à La Chaux-de-Fonds, qui perdura jusqu'en 1966.
La SNSN fut présidée par des personnalités scientifiques réputées, telles que Louis Coulon, premier président qui régna durant un demi siècle, mais aussi Emile Argand, géologue; Jean-Georges Baer, zoologue et parasitologue; Claude Favarger, botaniste; Hans Schardt, géologue; Henri Rivier, chimiste... parmi les plus connus.