Le Cercle d’histoire Alsace-Lituanie vise à développer, promouvoir et favoriser la connaissance des relations historiques, culturelles et scientifiques entre la France et la Lituanie, et plus particulièrement entre l’Alsace et la Lituanie, par le biais de publications, d’expositions, de conférences, de visites et de voyages d’étude.
La société s’attache notamment à mieux découvrir et faire connaitre la vie et l’œuvre de savants dont le destin fut lié aux deux pays, tel le naturaliste Louis Henri Bojanus (1776-1827).
Elle publie par ailleurs les Cahiers lituaniens, la seule revue historique et scientifique française consacrée à la Lituanie et aux relations entre ce pays et la France.
La société est affiliée à la Coordination France-Lituanie, à l'Union Internationale des Alsaciens et à la Fédération des Sociétés d’histoire et d’archéologie d’Alsace.