Le projet de créer l’Institut des Amériques est né à la fin des années 1990 autour de l'Institut des hautes études de l'Amérique latine (IHEAL) et des centres d'études nord-américanistes de l'université Sorbonne Nouvelle-Paris 3. En mars 2007, grâce au soutien du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, du ministère des Affaires étrangères et européenne, il a été constitué par le Centre national de la recherche scientifique (CNRS), sous la forme d’un Groupement d’intérêt scientifique (GIS). Sa gestion administrative est assurée par l'université Sorbonne Nouvelle-Paris 3.
Ses sept membres fondateurs sont le CNRS, l’université Sorbonne Nouvelle-Paris 3, l’université Rennes 2, l’université Toulouse - Jean-Jaurès, l’École des hautes études en sciences sociales, l’Institut de recherche pour le développement et Sciences Po Paris.
Mme Marion MAGNAN administration et pilotage réseau