L'objectif principal de l'Académie est l'avancement des sciences exactes, physiques et naturelles en Colombie. L'Académie est une organisation fondée sur le mérite. Par conséquent, l'un de ses objectifs est de reconnaître les scientifiques qui ont contribué à l'avancement de la science en Colombie.
Chaque année, il décerne deux prix : le Prix d'excellence de l'Académie colombienne des sciences et l'Académie colombienne des sciences - Prix de l'Académie mondiale des sciences (TWAS) pour les jeunes scientifiques colombiens. Les domaines d'intérêt particulier pour l'Académie comprennent, sans s'y limiter, l'histoire et la philosophie des sciences, la biologie de la conservation, les aires protégées, l'éducation à tous les niveaux, les femmes dans la science, les nanosciences et les nanotechnologies, la vulgarisation scientifique, la politique scientifique, etc.