Folklore comtois a une existence légale depuis 1960. Créée à l'initiative de l'Abbé Garneret, l'association compte actuellement plus de1000 membres (donateurs actifs et cotisants). Elle se propose d'étudier la civilisation traditionnelle de la Franche-Comté et a géré le Musée de la citadelle de Besançon avec la ville de 1960 à 1985 ainsi que le Musée de plein air des maisons comtoises de 1983 à 1997. Elle édite une revue annuelle, Barbizier et des ouvrage relatifs à la culture rurale comtoise : architecture, contes et légendes, chansons, traditions...