Elle doit son existence à la volonté de 7 Lyonnais, sous l'impulsion de Claude Brossette, avocat, administrateur de l'Hôtel-Dieu et échevin de la ville. En 1713, d'autres Lyonnais, conduits par Jean-Pierre Christin, créent une académie qui, après diverses évolutions, deviendra la Société royale des beaux-arts. En 1758, des lettres patentes royales réunissent les deux académies en une Académie des sciences, belles-lettres et arts de Lyon.
La première académie fut accueillie dès 1715 par François-Paul de Villeroi en son palais archiépiscopal (palais Saint-Jean) ; la seconde siégea dans le bâtiment du Concert ; enfin l'académie réunie sera logée à l'Hôtel de Ville, la municipalité lui assurant les frais d'écriture, du feu et de la lumière, du moins jusqu'à la Révolution.
L'Académie sera dissoute en 1793 comme toutes les autres sociétés savantes.