Héritière, lors de sa création en 1820, de l'Académie royale de chirurgie (1731) et de la Société royale de médecine (1776).
Créée par Louis XVIII en 1820, à l'instigation du baron Antoine Portal, l'Académie de médecine, de royale, devint impériale (1851-1870), puis nationale (à partir de 1947).
Au moment de sa création, l'Académie tenait ses séances à la Faculté de Médecine de Paris.
Elle occupa de 1824 à 1850 un local rue de Poitiers puis la chapelle désaffectée de l'Hôpital de la Charité, rue des Saints-Pères, avant d'emménager dans l'Hôtel de la rue Bonaparte, construit par l'architecte Justin Rochet de 1899 à 1902.